Dans Noctiluca, 104 dés translucides colorés remplissent le pool sur le plateau de jeu pour représenter les différents noctiluca lumineux.
Les joueurs plongent à tour de rôle dans l'eau depuis le bord du rivage pour ramasser les dés de noctiluca du plateau et les garder en sécurité dans des pots jusqu'à ce qu'ils puissent les remettre aux guérisseurs.
Après deux tours, les joueurs comparent les points de leurs livraisons réussies et le joueur avec le plus de points gagne.
Grâce à un plateau de jeu double face, Noctiluca comprend également un mode solo dans lequel un joueur doit sauver le noctiluca de la tempête.